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工作流程自動化 二次分析

基因體學二級分析解決方案使用案例

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工作流程自動化

工作流程自動化圖示

執行基因體工作流程需要手動佈建和組態。來自 AWS、AWS 合作夥伴和開放原始碼社群的工作流程自動化與協同運作工具，可協助加速研究和擴展運算能力。 AWS HealthOmics 等受管服務提供完全受管的生物資訊學運算 — 只需提供資料、工具和工作流程定義，然後按幾下即可執行您的基因組學分析。前往 解決方案程式庫。

AWS 解決方案

使用 Amazon Genomics CLI 圖示在 AWS 上自動化基因體工作流程

解決方案：使用 Amazon Genomics CLI 在 AWS 上自動化基因體工作流程

Amazon Genomics CLI 是一個開放原始碼工具，它提供了一個易於使用的命令列介面，可以在 AWS 上快速設定和執行基因體工作流程，從而實現更快、更具成本效益的群體級遺傳學研究、藥物探索週期等。

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使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 的基因體二次分析圖示

使用 DevOps on AWS 進行生物資訊工作流程開發的指引

設定持續整合和持續交付 (CI/CD) 管道，以自動化 AWS HealthOmics 上的生物資訊工作流程的生命週期。

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使用 AWS Step Functions 和 AWS Batch 的基因體二次分析圖示

開發、自動化、實作和監控 AWS 上的生物資訊學工作流程的指引

大規模建置並執行生產級生物資訊學工作流程。

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福瑞德哈金森腫瘤研究中心標誌

藉助 AWS，Fred Hutch Microbiome Research Initiative 將 7 年的運算時間縮短到 7 天。

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Gritstone Oncology 標誌

Gritstone Oncology 使用 AWS 和 Nextflow 驅動的共享任務佇列來分派任務和處理資料流。

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Helix 標誌

Helix 使用 BaseSpace Sequence Hub (Illumina 的基因體資料分析平台) 來為其工作提供動力。

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DNAnexus 標誌

「頂級診斷和生物製藥公司利用 AWS 上的 DNAnexus 自動執行重複性資料密集型任務，以提高速度和準確性。因此，這些公司的研發工作大幅減少，將管道開發速度從幾週縮短到幾小時。」

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Seqera Labs 標誌

「Seqera Labs 和 AWS 合作確保 AWS 成為生命科學工作負載的首選環境。Nextflow 和 Nextflow Tower 無縫整合到 AWS Batch 可實現彈性運算、整合到 EKS 可實現無縫部署，以及 AWS 檔案和物件儲存服務可實現經濟高效的高效能資料儲存。」

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Seven Bridges 標誌

「Seven Bridges 平台和 GRAF™ 和 ARIA™ 等 Seven Bridges 分析工具依賴於 AWS 的靈活性和可擴展性，使研究人員能夠利用大量基因體和表型資料儲存庫——這些儲存庫有可能揭示對疾病的基礎、新的治療方法和計算機疾病模型的洞察。」

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Illumina 的 DRAGEN Bio-IT 平台支援對全基因體、外顯子組和基因/面板等大型資料集的下一代定序 (NGS) 資料進行超快速分析。分析包括映射、對齊、排序、重複標記、小變異叫用等。

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二次分析

二次分析圖示

隨著基因體採用的不斷加速，二次分析通常被視為是限制約束。為了加速分析並適應不斷增長的需求，基因體組織會利用 AWS 的可擴展性和成本效率。

AWS 解決方案

AWS 上的 DRAGEN 圖示

服務：適用於全受管生物資訊學運算的 AWS HealthOmics

AWS HealthOmics 透過專門建置的資料存放區支援整個人群的大規模分析和協作研究，同時將原始基因組和生物資料轉化為患者層級和人群健康洞察。

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AWS 上的 DRAGEN 圖示

解決方案：AWS 上的 DRAGEN

Illumina 在 AWS 上的基因體動態讀取分析 (Dynamic Read Analysis for Genomics，DRAGEN) 可實現對下一代定序資料的超快速分析。 

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Illumina 標誌

Illumina 的 DRAGEN Bio-IT 平台可提供準確、超快速的二次分析結果。客戶可以使用在 Amazon EC2 F1 執行個體上執行的 DRAGEN 來支援並顯著加速他們的分析。

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Munich Leukemia Lab (MLL) 標誌

藉由 AWS，Munich Leukemia Lab 將處理患者基因體資料的周轉時間從 20 小時減少至 3 小時，從而有助於加速研究並改善白血病的診斷。

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Ancestry 標誌

Ancestry 依賴於 Amazon EFS，讓多名科學家能夠執行基因體研究、擴展或縮減運算和儲存，並加速布設科學家。

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Illumina 標誌

「準確性和速度對於發揮人類基因體的力量至關重要。Illumina 的 DRAGEN Bio-IT 平台可提供準確、超快速的二次分析結果。客戶可以使用在 AWS 上執行的 DRAGEN 來支援並顯著加速他們的分析。」

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NVIDIA 標誌

「NVIDIA Clara Parabricks Pipelines 是一種 GPU 加速運算架構，支援從 DNA 到 RNA 的基因體應用程式。Parabricks 的加速與 AWS 的可擴展性相結合，使基因體行業能夠更快、更經濟地執行專案，並讓研究人員能夠在他們的資料中識別出更多的基因變異。」

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Seven Bridges 標誌

「Seven Bridges 平台和 GRAF™ 和 ARIA™ 等 Seven Bridges 分析工具依賴於 AWS 的靈活性和可擴展性，使研究人員能夠利用大量基因體和表型資料儲存庫——這些儲存庫有可能揭示對疾病的基礎、新的治療方法和計算機疾病模型的洞察。」

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使用 GPU 加速的 NVIDIA Clara Parabricks 在 AWS 上進行基因體分析，以高度準確地快速分析您的全基因體、外顯子組和面板的下一代丁定序資料。Clara Parabricks on AWS 提供了一套專用工具，可支援端到端基因體工作流程，從而改善資料流動性、安全性以及緩解分析瓶頸。結合利用 Parabricks 的加速與 AWS 的可擴展性，進而協助科學家降低分析成本、更快地獲得結果並擴展資料處理。
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最佳化二次分析運算成本

了解如何使用 Amazon Elastic Compute Cloud (EC2)、Spot 執行個體和 AWS Batch 最佳化二次分析運算成本。

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