Relay Therapeutics 使用 AWS 加速藥物探索

Relay Therapeutics 是一家精準醫療公司，透過利用對蛋白質運動前所未有的見解來改變藥物探索過程。在實驗室測試有希望的化合物之前，科學家們必須考慮一個由接近 100 億種化合物的可用起點組成的分子世界。他們需要將這個廣泛的集合過濾到最有可能與生物靶標結合的 100-200 種化合物。

透過分析更多的化合物，科學家增加了在實驗室中找到合適分子進行測試的機會。在具有數千個 CPU 的典型內部部署資料中心中，分析 10 億種化合物可能需要數個月的時間。在內部部署資料中心部署足夠的 CPU 成本也很高，特別是由於分析的「突發」性質。

通常，在傳統的 IT 環境中，製藥公司一次差不多可以篩選數百萬種化合物。Relay Therapeutics 決定將這個數字擴大到數十億，並求助於 Amazon Web Services (AWS) 來解決這一挑戰。Relay Therapeutics 運算部副總裁 Pat Walters 表示：「選擇 AWS 而不是其他雲端供應商的主要因素是我們從一開始就獲得支援。並持續協助我們提高流程的效率。」

在 AWS 上，該公司還簡化了虛擬篩選，因此科學家可以使用開放的指令腳本在 AWS Batch 上開始分析。然後，科學家們利用 Amazon Athena 快速分析資料，這是一種無需管理基礎設施的無伺服器查詢服務。 

Pierce 估計，與在內部部署進行虛擬篩選相比，Amazon EC2 Spot 執行個體將降低 50% 的運算成本。AWS 和 Relay Therapeutics 還在流程中建置參數檢查，以防止分析成本超過預算金額。Walters 解釋：「如果工作超出設定的費用門檻，我們會收到警報。這告訴我們一個參數已關閉，因此我們可以終止工作或即時進行調整。」

自部署 AWS 高效能運算解決方案以來，Relay Therapeutics 已經執行了 50 億個化合物的多重篩選。由於 AWS 提供的可擴展性，科學家可以在同一移動蛋白質目標的多個快照上執行篩選。  

幾年前，Relay Therapeutics 團隊認為不可能以公司現行達到的規模，對科學家分析的十億行表格執行虛擬篩選。Walters 強調：「即使對內含數十億行的表格進行排序並非易事。透過使用 AWS 技術，我們可以有效地處理所有這些資訊，這有助於我們努力實現我們的最終目標 (以比我們以前想像更快的速度為患者提供藥物)。」