Vertex Pharmaceuticals 使用 AWS 將 Cryo-EM 資料儲存和處理的成本降低 50%

透過遷移至 AWS，Vertex 將其工作負載遷移到 Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) 中更靠近資料到達的位置，這是一種物件儲存服務，可提供業界領先的可擴展性、資料可用性、安全性和效能。Vertex 也使用 Amazon FSx for Lustre，這是一個全受管的共用儲存空間，建置於全球最受歡迎的高效能檔案系統之一，為科學家提供主動分析期間所需的準確儲存資源量。

處理完畢後，Vertex 會將資料傳送回 Amazon S3。該公司使用 Amazon S3 生命週期政策 (定義 Amazon S3 套用至一組物件之動作的規則集) 有效率地將資料進行排序。「使用 Amazon S3 生命週期政策，我們可以將資料放入不同的層級，以降低儲存成本」，Iurralde 表示。該公司還能順暢無礙地擴展其儲存空間，從而限制資料中心的開銷。

為了管理資料處理的運算，Vertex 使用 AWS ParallelCluster，這是一種開放原始碼叢集管理工具，可讓您易於在 AWS 上部署和管理彈性 HPC 叢集。它會根據分析軟體的需求擴展和縮減 HPC 節點。「當上述作業完成時，我們幾乎不用花一毛錢」，Iturralde 表示，「我們不必擔心科學的發展速度將耗盡我們的資源，或迫使我們需要分心維護基礎設施。」

透過讓運算成本與工作負載需求相符，Vertex 已將成本降低了 50%。此外，它所實現的效能比以前的架構要好兩倍。而且，Vertex 已經消除了 Cryo-EM 團隊在與其他群組共享資源時在內部部署環境中所面臨的瓶頸，這種情況以前經常會發生。Posson 表示：「以前，即使沒有其他人使用資源，分析 Cryo-EM 資料也需要幾週的時間。現在，我們有把握不到 1 週就能使用 AWS 交付資料。」

Vertex 使用 Amazon Cognito 新增了原生單一登入支援，企業可以使用這些功能快速輕鬆地為 Web 和行動應用程式新增註冊、登入和存取控制。「使用 Amazon Cognito 讓我們備感安心，因為只有具備權限的員工才能存取該軟體」，Iurralde 表示。除此之外，Vertex 還使用 Application Load Balancer (負載會透過針對現代應用程式交付的進階要求路由來平衡 HTTP 和 HTTPS 流量)，以保護其網路功能安全。

在 AWS 上，Vertex 使其流程有效率、可擴展且符合成本效益，同時減少手動維護。在 AWS 上建置也使該公司可存取最新的運算和 GPU 資源，免去採購資料中心硬體相關的數個月冗長前置期。例如，Vertex 正在執行 Amazon EC2 G5 執行個體，這些執行個體可提供 CPU、主機記憶體和 GPU 容量的強大組合。透過在雲端中執行 Cryo-EM 流程，科學家可以進行近乎即時的分析。Vertex 更有效地使用昂貴的顯微鏡時間，並推動科學突破。